2 育种目标
2． 1 果实品质优良
评价果实综合品质的指标有很多，比较重要的有果质量、果径、壳厚、出仁率和含油率等。佐治亚州大学农业及环境科学学院研究认为，薄壳山核桃的结果能力最为重要，由于薄壳山核桃坚果出仁率不同，因而以种仁产量表示结果能力更具有说服力。在薄壳山核桃的选育中，综合评分法是应用最广泛的方法，该方法是对影响薄壳山核桃品质的出仁率、坚果质量、含油率等主要经济性状进行加权计分，根据综合得分情况进行选优。谢孝福等曾在全国14 个省、市普遍调查的基础上，对初选的70 个单株进行了优良性状的筛选研究，果实品质的筛选标准为: 坚果壳薄，种仁饱满，出仁率在40% 以上，种仁品质好，味香甜，含油量在70% 以上。薄壳山核桃果实为高度杂种，其后代性状会发生严重分离，果实质量性状和出仁率都属于数量性状遗传，在其后代表现为连续变异。美国山核桃出仁率虽由基因控制，但生长季的温度对其也有巨大影响: 夏季的热量，尤其是夜间相对较高的温度对坚果发育非常有利。因此，培育出仁率高的品种，并结合环境因子进行有利调控，是提高美国山核桃坚果品质的关键。
2． 2 丰产稳产
美国山核桃实生树产量低而且不稳定，我国解放前后定植的薄壳山核桃基本上是实生苗，结出的果实差别很大，大小、饱扁不一。王白坡等研究了13 个品种实生后代，仅有0． 3% 的植株产量较高并且保持稳产; 实生后代坚果质量普遍趋轻，中、大果型品种后代很少出现超亲本的植株。但可以利用实生后代中0． 30%产量较高的植株，从中筛选出丰产的优株。大小年结果现象几乎在所有果树上都会存在，但在美国山核桃上尤为严重，这种现象主要与3 个方面有关: 果实成熟期、果实生长本质和果仁的化学组成。落花落果率高的品种一般相对稳产，大小年产量变幅小，落花落果率低的品种进入盛果期后，常会出现隔年结果现象。品种果园除采用栽培措施外，还可通过选择品种来弱化这种影响。
2． 3 花期相遇
美国山核桃为雌雄同株植物，花单性，雌雄异熟。王白坡等对12 个品种实生后代花性调查发现，多数实生后代表现雌雄异熟性( 90． 70%) ，而且雄先型居多( 56． 20% ) ; 亲本为雌先型，其后代雄先型则占66． 50%。可以看出，不论亲本异熟性表现如何，实生后代则以雄先型占优势，相遇型最少，仅占1 /10 左右。雌雄同熟型由于授粉充分，坚果产量高，是选择优良家系的重要指标。因此，国内近几年选育的品种大都是同熟类型，如金华1 号、绍兴1 号、云引( 1号、2 号、10 号) 、赣选3 号等。
2． 4 挂果早
美国山核桃较其他果树盛果期来的稍迟，因此在选择品种时，应尽量选择早实丰产的品种，并且始果期早，早发挥经济效益。薄壳山核桃实生繁殖结实迟，低产和不结果树比例大，是美国山核桃在生产上难以推广的根本原因。实生苗10 年左右才开始开花结果， 15 ～ 20 年才进入盛果期，这由薄壳山核桃实生繁殖时的生物学特性所致。而嫁接苗则具有一定的早果性，将优良品种接穗在本砧上高接，培育优良无性系，可使优良品种缩短始果年龄，一般3 ～ 6 年即可挂果。
2． 5 早熟性
美国山核桃的果熟期分为早、中、晚3 个类型，品种间的时间变幅最大可达47 天。生长期短的早熟品种省工省时，并且坚果在秋旱和霜冻前成熟，叶片在脱落前有时间为树体贮备营养物质，有利于提高翌年坚果产量。例如，Pawnee 9 月中旬果实开始成熟，比其他品种早15 ～ 20 天，采收后有50 天左右时间叶片可为树体进行光合积累，这是丰产稳定的基础。此外，早熟并且坚果个大、品质优良的品种有较好的市场优势。但大多数优良品种生长季都比较长，适应地区范围窄，并且气候不稳定的年份也会导致生长季缩短而减产。生长季短也会使营养积累不充分，导致果实小、出仁率低等现象，如一些北方品种类型的果实品质就明显不如东部、西部类型。因此，培育早熟且品质优良的品种是十分必要的。
2． 6 抗病性
美国山核桃最主要的病害是疮痂病，根据美国山核桃对疮痂病的敏感性，通常分为西部感病品种和东部不同程度的抗病品种，其中有些东部品种对疮痂病具有遗传性的免疫。美国除在生产中选用抗病品种外，研究人员还将抗病性作为育种目标之一，几十年来已经培育出了许多抗疮痂病品种，如Nacono、Kanza 和Elliot 是目前良好的抗疮痂病品种。在美国山核桃中抗性并不是一成不变的，它可被病原菌逐渐适应而降低其抗性，但品种之间抗性改变情况有所不同。另外，疮痂病的病原菌因地区而不同，植株的抗病性也因病原菌的类型而有差异，因此会出现某__个品种在一个地区抗病而在另外一个地区却变成感病的现象。因此，可以选择抗性退化较慢的品种，并适时更新替换，这样疮痂病的整体水平就会下降并易于控制。还有一个防治病虫的方法就是增加抗性基因的遗传变异性，即在同一果园内混植不同的品种，这样能大大降低病虫传播蔓延的速率。但品种之间的栽培特性和坚果市场性限制了混植的可行性，因此育种单位需要选育适合当地混植的品种，来保持抗性基因的遗传变异性。