乳酪在生产过程中，如果加工方法不当，消毒不彻底，处置不卫生，又没有加盐或盐量过低，贮藏的环境不良等，都可能被微生物污染并大量生长繁殖而引起乳酪不同程度的败坏。乳酪可因不同微生物的作用而发生下述变质现象：
1、发霉 霉菌在乳酪表面生长繁殖，引起发霉并呈现霉菌菌落的各种颜色。
2、变味 由于鱼杆菌与乳卵菌分解乳酪脂肪的卵磷脂，产生三甲胺，发生鱼腥味。也有一些杂菌能引起腐败味、麦芽味、苦味、金属味等。
3酸败 荧光假单胞菌、灵杆菌、乳卵菌、枝孢菌等，能产生脂肪酶和蛋白酶，将脂肪水解产生酪酸和已酸等脂肪酸，使乳酪发生酸败现象，散发出酸臭气味。
4、变色 有些产色素的细菌，能使乳酪变色。如玫瑰红球菌使乳酪变成粉红色，紫色产色菌或牛酪产色杆菌使乳酪变成紫色，黑色单胞菌使乳酪产生黑色，荧光假单细胞菌可使其变为绿色。