由于空气中缺乏营养物质，干燥，流动以及阳光的直接照射，进入空气中的微生物很快就会死亡。只有一些对干燥和阳光抵抗力强，能产生芽孢或色素的细菌及真菌的孢子能存在于空气中。空气不是微生物生长繁殖的适宜自然环境。空气中微生物的主要来源是地面上的微生物伴随着土壤尘埃、水滴、动物哞叫、喷嚏、咳嗽时喷出的飞沫等微粒一并飞扬进入；霉菌的孢子，则常被气流直接吹散入空气中。它们的存在给乳品工业、食品工业、发酵工业等生产可能带来经济上的损失，也常是微生物实验室、生物制品的污染和外科手术创口感染的来源之一。
　　目前空气中存在较多的、存活时间较长是各种真菌、放线菌的孢子及细菌芽胞。 空气中微生物绝大多数是非致病的腐生菌，常见的有微球菌属、芽孢杆菌属、棒状杆菌属、八叠球菌属、芽枝毒属、交链孢霉属、青霉属、曲霉属等。